Las iglesias no calcedonianas son iglesias de Oriente (armenia, copta, etíope y siria) que rechazan la doctrina del Concilio de Calcedonia (451) sobre la doble naturaleza de Cristo. Las iglesias no calcedonianas perseveran en la doctrina monofisita, según la cual en Cristo no había más que una sola naturaleza divina.
Los orígenes de la Iglesia Ortodoxa Armenia se remontan a la conversión de este país en el año 301, lo que convirtió a ésta en la primera nación que abrazó el Cristianismo. Existe una comunidad religiosa armenia en Jerusalén desde el siglo V. Fuentes armenias fechan el primer Patriarcado en el año 638, según una carta entregada por el Califa Omar al Patriarca Abraham. El Patriarcado armenio de Jerusalén se constituyó en 1311.
A lo largo del siglo XIX y durante e inmediatamente después de la Primera Guerra Mundial aumentó la comunidad armenia local. Antes de 1939 la componían más de 15.000 personas, y constituía el tercer grupo cristiano más numeroso. En la actualidad está formada por menos de 2.500-3.000 fieles, parte de los cuales viven en el barrio armenio de Jerusalén, mientras que otros residen en Haifa, Jaffa, Ramala, Belén y Ammán, en Jordania.
La Iglesia Ortodoxa Copta tiene sus raíces en Egipto, donde la mayor parte de la población se convirtió al Cristianismo durante los primeros siglos. Declaran haber llegado a Jerusalén con santa Elena, madre del emperador Constantino. Esta iglesia influyó desde el principio en el desarrollo de comunidades monásticas en el desierto de Judea. Este colectivo floreció durante el periodo mameluco (1250-1517), y de nuevo con Mohammed Alí en 1830. Desde el siglo XIII, el Patriarca Copto de Alejandría está representado en Jerusalén por el arzobispo. Esta comunidad cuenta con unos 1.500 miembros en Jerusalén y en Ramala principalmente.
La Iglesia Ortodoxa Etíope lleva manteniendo una comunidad en Jerusalén al menos desde el Medievo. Los primeros historiadores de la Iglesia mencionan la presencia de etíopes en Tierra Santa ya desde el siglo IV. Lo que sí es cierto es que a lo largo de los siglos posteriores la Iglesia Etíope gozó de importantes privilegios en los Santos Lugares, pero los perdió en su mayoría durante el periodo turco, antes de la declaración de statu quo.
Actualmente, la Iglesia Etíope de Israel es una pequeña comunidad encabezada por un arzobispo y compuesta básicamente por unas decenas de monjes y monjas que viven en la Ciudad Vieja y en torno a la Iglesia Etíope. Con la inmigración de etíopes a Israel, la comunidad laica ha aumentado hasta cierto punto durante los últimos 20 años. Igualmente, se han incrementado las peregrinaciones desde el restablecimiento de las relaciones diplomáticas entre Israel y Etiopía.
La Iglesia Ortodoxa Siria es sucesora de la antigua Iglesia de Antioquía y una de las comunidades cristianas más antiguas de Oriente Próximo. Entre sus tradiciones se encuentra el mantenimiento del uso de la lengua siríaca (arameo occidental) en la liturgia y en las oraciones. También se les conoce con el nombre de Jacobitas (por Jacob Baradeus, que organizó esta iglesia en el siglo VI). Su Patriarca reside en Damasco. Jerusalén cuenta con obispos ortodoxos sirios desde 793, y permanentemente desde 1471. En la actualidad, la Iglesia local se halla bajo la dirección de un obispo que reside en Jerusalén, en el Monasterio de San Marcos, del siglo VII. Esta comunidad está formada por unas pocas familias, la mayoría de las cuales residen en Nazaret, Haifa, Jericó, Ramala, Beit Sahour y Beit Jala.
La Iglesia Apostólica de Oriente (a veces llamada erróneamente Nestoriana), es originaria de la frontera entre Turquía, Irán e Irak, y su liturgia y sus rezos se realizan en siríaco (arameo oriental). Desde 1917, su patriarca reside en Chicago y Kerala (India). La presencia de esta iglesia en Jerusalén comenzó en el siglo V. Hoy en día está representada por un arzobispo.